המערכת האקולוגית הכורכרית מורכבת מפסיפס של בתי גידול המשתנים כתלות מהמרחק מהים בציר מזרח מערב, השינוי לאורך מפל הגשם בציר צפון דרום, ופרמטרים שונים של הקרקע: נוכחותה של שכבת נארי קשה המונעת התרוחחות של הכורכר, נוכחותם של רבדי חמרה או כיסוי חולי על הכורכר, עובי הקרקע והמפנה. רובם מתאפיינים בצמחייה פתוחה יחסית, ועירוב של צמחים ממוצא ים תיכוני ומדברי. במסגרת העבודה הנוכחית מיפנו שמונה מיני צמחים הייחודיים לכורכר הקשה, ו-66 מיני צומח האופייניים לפסיפס של כורכר חמרה וחול. עוד אותרו 11 מינים פולשים וארבעה פליטי תרבות. בייחוד חמציץ נטוי ושיטה כחלחלה המתפשטים במערכת הכורכרית במהירות והופכים לתצורת הצומח הדומיננטית. עוד במסגרת המחקר אותרו חמישה מינים של חלזונות יבשה בעלי זיקה ברורה, וככל הנראה גם אנדמיות לכורכר החופי: שיננית החוף, ולכורכים הפנימיים: שבלולית הכורכר, שבלולית פיקרד, שבלולית המדבר ולבנונית אהרוני. כמוכן, כורכר נמנה עם בתי הגידול העשירים ביותר בדבורי בר בישראל.